Как говорит сайт поддержки, для этого необходимо сделать:
1. удалить папки canopy и Enthought (или куда вы там это устновили)
rm -IR canopy Enthought
2. теперь восстановим python в качестве среды разработки поумолчанию (canopy заменял его). Для этого в домашней директории выполним:
gedit .bash_profile
и удалим из файла нечто похожее на:
source ~/Enthought/Canopy_64bit/User/bin/activate
3. официальный мануал на этом месте заканчивает удаление программы. Но мне оказалось этого недостаточно. Выполняем еще в терминале:
export PATH="$PATH:/usr/local/bin/python"
Теперь готово