yum очень хорошо выполняет свои функции по менеджменту установленных пакетов. Но иногда случается, что в системе появляются пакеты-дубликаты. По идее, их присутствие не должно ни на что влиять. Но для поддержания абсолютного порядка, их надо удалить. Для этого запускаем из терминала команду:
package-cleanup --cleandupes