Итак, для начала проверим включена ли вертикальная синхронизацияю Для этого в терминале надо выполнить:
glxgears
Появится окошко с шестеренками. Поместите курсор мыши на него. Если в терминале появятся цифры fps примерно равные частоте обновления монитора (у меня это 60), то значит вертикальная синхронизация включена. Если цифры будут большие очень - значит нет.
Фикс заключается в добавление в файл /etc/environment следующих строк:
CLUTTER_PAINT=disable-clipped-redraws:disable-culling
CLUTTER_VBLANK=True
Ну и перезагрузки. Это помогает убрать полосы в vlc, но не в Totem.